L-цистеїн в основному використовується в медицині, косметиці, біохімічних дослідженнях; застосовується у хлібних матеріалах для сприяння утворенню клейковини та сприяння бродінню, цвілі та запобіганню старінню. Використовується в натуральних соках для запобігання окисненню вітаміну С та запобігання соку набувати коричневий колір. Продукт має дезінтоксикаційну дію, може застосовуватися при отруєннях акрилонітрилом, ароматичному ацидозі.
Ацетилцистеїн, також відомий як N-ацетилцистеїн або N-ацетил-L-цистеїн (NAC), - це препарат, який використовується для лікування передозування та розпушення густого слизу, наприклад, при муковісцидозі або хронічній обструктивній хворобі легенів.